Az Elektronikus Közúti Áruforgalom Ellenőrző Rendszerben az élelmiszerekre szigorúbb szabályok vonatkoznak, mint egyéb termékekre. Január elsejétől egyes, a 200 kilogrammot vagy 250 ezer forintot meghaladó élelmiszer-szállítmányokra EKÁER számot kell kérni, függetlenül attól, milyen járművel szállítják.

A Nemzeti Adó- és Vámhivatal (NAV) ellenőrzései alkalmával többször akadályozta meg, hogy emberi egészséget veszélyeztető élelmiszer kerüljön az üzletek polcaira. Hűtés nélkül szállított nyers hús, magyar árunak feltüntetett lengyel paradicsom, hűtés nélküli kamionban hordóban szállított feltört tojás akadt fenn a NAV és a NÉBIH közös ellenőrzései alkalmával.

Ezen túl az élelmiszeripari termékekkel (például liszt, cukor, étolaj, kávé, hús) kapcsolatban elkövetett áfacsalások miatt 2011 óta a NAV pénzügyi nyomozói mintegy 400 nyomozást indítottak. Ezekben az ügyekben 86 milliárd forint áfát csaltak el az elkövetők.

A visszaélések kiszűrése érdekében az EKÁER-ben be kell jelenteni a kockázatos élelmiszereket, amennyiben azok tömege a 200 kg-ot vagy adó nélküli ellenértéke a 250 ezer forintot meghaladja.

Kockázatos élelmiszernek minősülnek többek között:
- friss, hűtött vagy fagyasztott húsfélék, húskészítmények és halak
- tej, tejtermékek, tojás, méz
- zöldségfélék (hagyma, burgonya, paradicsom, káposztafélék stb.)
- gyümölcsök (déligyümölcsök, szőlő, körte, dinnye, alma, csonthéjasok stb.)
- kávé, bors, paprika, rizs, hajdina
- liszt, cukor, olaj, margarin

Az élelmiszerek tekintetében a NÉBIH-nek be kell jelenteni az első magyarországi tárolási helyet és az azt üzemeltető élelmiszer-vállalkozót. A kockázatos élelmiszerek és termékek után február 1-jétől ún. kockázati biztosítékot is fizetni kell.

Az EKÁER rendszer az élelmiszerlánc-felügyeleti hatóság hatáskörébe tartozó termékek esetén kizárólag a FELIR (élelmiszerlánc-felügyeleti információs rendszer) azonosítóval rendelkező ügyfelek szállítmányához ad számot.